Прослеживаемость. Будет ли контролироваться использование ввезенных товаров для целей производства на территории РФ, и если да, то каким образом?

Если речь идёт об импортёре, то таможенный орган передаст налоговому органу сведения по таможенной декларации на товары.

Импортёр на общей системе налогообложения представит налоговому органу налоговую декларацию по НДС, в которой отразит данные из книги покупок и книги продаж (включая данные по прослеживаемому товару), а также налоговый вычет и НДС, исчисленный с последующей реализации товара (при его перепродаже).

Если импортёр (либо следующее звено в цепочке) предполагает использовать ввезённый товар для производства, он должен будет направить налоговому органу сведения из документа, подтверждающего передачу товара в производство. 

Сведения из этого документа предполагается включить в состав реквизитов декларации по НДС по результатам квартала с указанием идентификатора партии товара, которая была передана в производство согласно документу о списании. 

Из декларации по НДС, представленной в налоговый орган, будет видно, что закупленный прослеживаемый товар передан в производство. С этого момента, если не будет возврата товара из производства, он считается выбывшим из системы прослеживаемости.